Как вариант предлагается следующий способ:
1. Делаем копию базы.
2. Сохраним расширения в файлы (сохранить конфигурацию в файл ...).
3. Из рабочей базы удаляем все расширения.
4. Снова в рабочую базу добавим расширения.
5. Загружаем расширения в рабочую базу пунктом "Сравнить, объединить конфигурации из файла ..."
6. С помощью стандартной обработки "Выгрузка и загрузка данных XML.epf" перенесем данные собственных объектов, добавленных в расширения, из копии в рабочую базу. (В моем случае это были справочники и регистры сведений)
7. В рабочей базе в заимствованных объектах расширений, где добавлены реквизиты или реквизиты, которые были заимствованы, в свойстве "Подсказка" прописываем "расширение" (нужно для определения, какие данные расширений перенести из копии в рабочую базу).
8. С помощью обработки "ПереносДанныхРасширения.epf" (прилагается в статье) перенесем данные из копии в рабочую базу.
9. Восстанавливаем свойство "Подсказка" пунктом "Сравнить, объединить конфигурации из файла ..." из сохраненного расширения.
Предлагаемая методика тестировалась на платформе 8.3.22.1704, типовая конфигурация "Бухгалтерия предприятия ПРОФ 3.0.131.34".
В обработке перенос реквизитов объектов Справочников и Документов, другие объекты не делал из-за ненадобности.