Для себя я нашел выход - оприходовать недостающий товар в нужное время, а излишки выровнять по ревизии. Проделать это вручную - нелегкая задачка. Вот и родилась такая обработка.
Задаем период, обработка сама посмотрит недостающие остатки и создаст оприходование товаров на нужную дату. По сумме оприходования можно судить о величине пересорта и прочих ошибок заведения прихода.
Обработку можно запускать несколько раз, например, после исправленных ошибок, - документы пересоздаются на месте старых. После этого остается перепровести документы и получить нормальные остатки и правильно списанные партии.