При объединении метаданных нескольких похожих, но все таки различающихся конфигураций оказалось, что некоторые идентичные объекты метаданных в разных конфигурациях имеют различные идентификаторы, что не дает возможность объединить конфигурации без потери данных. Проблема была решена использованием механизма конвертации данных.
Приблизительный алгоритм действий:
Предполагается, что конфигурации у вас уже объединены, но фактически есть их 2 версии - отличающиеся УИДом определенного объекта (в моем примере это справочник)
1. В КД создаем новые правила обмена. В качестве конфигураций источника и приемника используем одинаковую конфигурацию - любую из имеющихся двух версий
2. Создаем ПКО этого справочника (для всех реквизитов). Если для нас важно сохранить внутренние идентификаторы элементов справочника, устанавливаем галочку "Искать объект приемника по внутреннему идентификатору объекта источника". Для реквизитов ссылочного типа создаем ПКО только с полями поиска.
3. Создаем правила конвертации всех объектов информационной базы, где упоминается этот справочник (только поля поиска и реквизит с типом значения, соответствующим данному справочнику). Желательно, чтобы галочка "Искать объект приемника по внутреннему идентификатору объекта источника" тоже была установлена.
4. Создаем правила выгрузки данных для всех объектов информационной базы, где упоминается этот справочник. Сам справочник выгрузится по ссылке :).
5. Создаем резервную копию базы данных, которую планируем обновить
6. Выгружаем из обновляемой базы данные
7. Обновляем конфигурацию этой базы (файлом поставки с измененным GUID справочника)
8. Выполняем загрузку данных обратно в эту базу