При некорректном удалении документов например обработкой "Универсальные подбор и обработка объектов" от них остаются ссылки в регистрах накоплений, от котрых трудно избавится. Обработка позволяет восстановить удаленный документ по уникальному идентификатору, чтобы затем удалить корректно :)