Причина кроется в модуле внешнего отчета регламентированной отчетности "Налоговая отчетность - НДС - Раздел 3 (расчет суммы налога, подлежащей уплате в бюджет)", файл nds904.ert:
выборка документов "ЗаписиКнигиПродаж", "ЗаписиКнигиПокупок" за период происходит как проведенных, так и непроведенных (рис. 2-3), т.е. если при наличии одного подобного проведенного документа бухгалтер по какой-либо причине завел еще один (или больше), заполнил табличную часть, сохранил документ, но не пометил его на удаление, то налоговая декларация по НДС (раздел 3) за этот период заполнится неверно.
Соответственно, лечится подобное очень легко - нужно просто пометить на удаление все лишние (непроведенные) документы "ЗаписиКнигиПродаж", "ЗаписиКнигиПокупок" за указанный период.
Надеюсь, эта информация кому-то пригодится.
Обновлено: подобная ситуация наблюдается и для книг покупок и продаж и возникает, соответственно, при существовании в том же месяце непроведенных и без пометки на удаление заполненных документов "ЗаписиКнигиПродаж", "ЗаписиКнигиПокупок" ("ЗаписьКнигиПродаж", "ЗаписьКнигиПокупок").