1. Написал на расширении (так проще).
2. Сделал контроль проведения. Если не указан номер ГТД, а в остатках есть.
3. Контроль сделал отключаемый по константе.
4. В самом документе Реализация сделал распределение строк.
5. Постарался как можно меньше использовать объектов конфигурации.
6. Тестировалось на платформе 1С:Предприятие 8.3 (8.3.23.1865). Конфигурация БП редакция 3.0 (3.0.143.24).