Отрицательные суммы налога не вытаскиваются - только положительные. Никто не мешает их вбить вручную, да они и в принципе редкость. Учитывается распределенная другими документами уплата по данному ОКАТО и ставке за период, указанный в документе. Таким образом выводится именно остаток по периоду в разрезе ОКАТО и ставки.
Обработка не проверялась для ЗБУ8, но, возможно, работает и с ней.
ОБНОВЛЕНИЕ 2 Марта 2016-го
Теперь обработка извлекает остатки расчётов налогового агента по НДФЛ по физлицам с начала налогового периода (года) по дату платежа, указанную в документе перечисления. Не дату платёжки, которая в шапке документа справа, а именно дату платежа, которая слева. Автоматически заполняется табличная часть и сумма документа. Также учтено, что в настоящее время расчёты по НДФЛ ведутся в разрезе ОКТМО/КПП.
Проверено для ЗУП 2.5.99.2 (платформа 8.3.7).