В документе "Выпуск продукции" (Отчет производства) для каждой строки материалов указываем свой склад списания.
Если склад не заполнить, тогда материал будет списан со склада, указанного в шапке документа.
Проверено на следующих конфигурациях и релизах:
- Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0, релизы 3.0.149.28, 3.0.147.30