Задвоенные записи в регистре "Реестр документов", могут возникнуть в различных случаях, но наиболее частой ситуацией является неверное использование обработки "Поиск и замена значений".
В моём случае так и получилось, когда оператор УТ, воспользовался обраткой для удаления дублей партнеров, в справочнике "Ключи реестра документов", как-бы получились задвоенные записи контрагентов, т.к. регистратор ключа стал одинаковым. Соответственно и поведение программы, 2 или более ключей и столько же записей в регистре сведений, при создании новых документов. Есть 2 варианта исправления данной ситуации: первый это так же воспользоваться обработкой "Поиск и замена значений", найти дубль ключей и выполнить замену, что в свою очередь приведёт к автоматическому удалению задвоенных строк регистра и потом руками пометить на удаление и удалить неверный ключ записи из справочника, но если таких задвоений очень много, то отследить их достаточно проблематично. Второй способ это воспользоваться обработкой, которая наглядно покажет по каким контрагентам произошло задвоение, выводит их в удобочитаемую форму с группировками по типам регистратора задвоившихся записей. После выполнения обработки, достаточно удалить (стандартным способом) помеченные обработкой на удаление записи справочника "Ключи реестра документов".
Тестирование проводилось на конфигурации "Управление торговлей" версии 11.4.5.143.