Столкнулся с проблемой, что заполнение серий только в оперативном режиме, поэтому переложил механизмы во внешнюю обработку и передаю дату на которую делать срез остатков по сериям.
Подключается через Сервис/Внешние печатные формы и обработки / Подключается через Сервис/ Внешняя обработки заполнения табличной части. Работает с документами ВозвратТоваровПоставщику, ПеремещениеТоваров, ОтчетОРозничныхПродажах, ОтчетКомиссионераОПродажах, СписаниеТоваров, РеализацияТоваровУслуг
Если кому нужны еще какие то документы - допишите. Аналогично можно доработать и под УПП.