Обработка проставляет галочку "Оплачено", а также ссылки внутри "платежного поручения" на документ "списание с расчетного счета" и наоборот.
В моём случае такая ошибка возникла из-за того, что при выгрузке в банк платежных поручений из номера документа в 6 знаков уходило только 5. При обратной загрузке из банк-клиента "списание с расчетного счета" с входящим номером документа из 5 знаков не находило относящееся к нему "платежное поручение". После того как вручную заменил последний номер "платежного поручения" на 5 значный, ошибка пропала, но много платежных поручений остались без флага "Оплачено".
В подобной ситуации обработка будет Вам полезна.