Связано это с тем, что пользователи с полными правами все проверки спокойно проходят, а не дать полные права некоторым пользователям просто нереально. Кроме того, фирма работает под заказ, то есть склад бывает забит под завязку, а бывает пуст.
Поэтому в профилях галки "Разрешить превышение остатков товаров на складе" и "Разрешить превышение остатков товара организации" остались, а я взялся за реализацию.
Сделал подписку на ОбработкуПроведения документа Реализация. Прицепил к ней общий модуль, где проверяются остатки товара по резервам и по свободным остаткам. А так же создал три константы, чтобы моим контролем можно было управлять прямо из Предприятия:
1) вкл/выкл контроль остатков
2) вкл/выкл контроль для пользователей с полными правами
3) вкл/выкл контроль при неоперативном проведении
Выложенный файл - конфигурация; в ней лежит 2 общих модуля, подписка, 2 формы, документ Реализация и 2 элемента стилей (чтобы не потерялись ссылки)