В 1С:Бухгалтерия предприятия нет возможности работы с резервированием товара. Предлагаю метод резервирования с помощью документа "Счет покупателю".
После выписки счета отчет начинает показывать количество зарезервированного товара. Товар снимается с резерва после его реализации или отмены проведения счета покупателю. Реализация обязательно должна создаваться на основании счета покупателю. Если реализация не полная по счету покупателю, то в резерве остаются не реализованные товары.
Можно указать период, в пределах которого будет рассчитываться резерв и остаток товара.
В счетах на оплату отсутствует возможность указать склад, поэтому для расчета резерва в отчете обязательно указывается склад резервирования.
Тестировалось на релизах: 1С:Бухгалтерия предприятия 3.0.99.21.