В отчете есть ошибка в коде, из-за которой не исключаются из выборки внешние совместители.
Когда формируется таблица исключаемых сотрудников, то туда скидываются данные с типом "справочник.физлица", пример:
ВЫБРАТЬ
| ПриемНаРаботуВОрганизациюРаботникиОрганизации.Сотрудник.Физлицо КАК Сотрудник
А по вн.совместителям скидываются данные с типом "справочник.сотрудники"
ВЫБРАТЬ
| РаботникиОрганизацийСрезПоследних.Сотрудник КАК Сотрудник
В этом косяк. Из-за этого, когда в запросе, выбирающем данные, исключаются сотрудники, исключения вн. совместителей не происходит, потому что в таблице исключаемых ищутся физ.лица, а по вн. совместителям там находятся "сотрудники".
И НЕ ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций.Сотрудник.физлицо В
| (ВЫБРАТЬ
| Исключаемые.Сотрудник
Исправляется, в принципе, легко, главное, не забыть исправить в двух процедурах: отчета и расшифровки.