На сайте есть много обработок на эту тему, но мне не одна не подошла, почему-то не правильно заполнялись суммы.
В представленной обработке следующий алгоритм: данные по НДФЛ берутся из документов "НачислениеЗарплатыРаботникамОрганизаций"
при этом проверяется КодПоОКАТО для обособленных подразделений
Добавить через Сервис -> Дополнительные внешние обработки -> Дополнительные обработки табличных частей