В ЗУП 3.1 реализован расчет и автозаполнение документа "Компенсация за задержку выплаты зарплаты" за задержку зарплаты. Если нужно рассчитать компенсацию за задержку выплаты аванса, то в типовом механизме этого не получится. Обработка использует типовой расчет компенсации с выбором даты плановой выплаты аванса и даты задержки выплаты. В обработке необходимо выбрать пустой документ "Компенсация за задержку выплаты зарплаты" с датой фактической выплаты аванса, обработка сама определит дату плановой выплаты аванса, если она указана в учетной политике организации, и дату фактической выплаты аванса. Нажать кнопку заполнить, обработка автоматически заполнит документ данными расчета компенсации.
Тестировалось на платформе 1С:Предприятие 8.3 (8.3.15.1489) Зарплата и управление персоналом, редакция 3.1 (3.1.11.133), думаю будет работать и на последнем релизе.