Можно переподчинить счет другому, изменить активность, субсчета и т.д.
Естественно, это может нарушить логику работы конфигурации с такими счетами.
Однако это не всегда критично.
Например. УСН Доходы - Расходы. На всех счетах учета материальных ценностей ведется ФИФО и партии.
Однако на счете 43 оно не нужно, мешает. Ставим галку оборотное субконто Партии и все хорошо.
Другой пример. УСН Доходы или ЕНВД. Хотим учитывать авансы на 60.01 и 62.01. Тоже ставим оборотное субконто документы расчетов, и все хвосты "закрываются". Меняем активность на активно-пассивный, чтобы в ОСВ было и дебетовое, и кредитовое черное сальдо.
В общем, все надо проверять на копии базы, и если вы не понимаете, что делаете, то лучше не делайте, а спросите специалиста.