При расчете среднего заработка если у Начисления стоит вид Пропуск, этот период учитывается при расчете. Подробнее проблема по ссылке - https://www.buhonline.ru/forum/index?g=posts&t=480084
В конфигурациях нет отчета, в котором можно было бы выявить количество прогулов в календарных днях, поэтому был создан небольшой отчет, где в колонках выводится, сколько в месяце календарных дней, сколько из них отработано и сколько было в месяце прогулов.
Тестировалось на 1С: УПП 1.3 (1.3.102.1).