Самый легкий способ с помощью СКД (не запрос) по получению одного самого верхнего или сразу нескольких родителей(групп) номенклатуры верхнего уровня.
Чтобы получить одну самую верхнюю группу, надо выставить значение "Число верхних уровней" равным 1, для двух - соответственно 2.
В отличие от //infostart.ru/public/84547/ можно выбирать число необходимых уровней.
Проверено на платформе 1С:Предприятие 8.3 (8.3.12.1412). Работает на конфигурациях Бухгалтерия предприятия 3.0 и Управление торговлей 11 всех релизов.