Столкнулся с задачей у одного из заказчиков, пропали разделы и ни какие манипуляции не давали результата. Пришлось написать маленькую обработку решающую эту проблему. Дополнительно вывел кнопку для добавления раздела "Зарплата и кадры".
Нажимаете. Перезапускаете, все появляется.
Тестировалось на конфигурации: Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.89.47).