Стандартный механизм поиска и удаления дублей в большинстве конфигураций на основе БСП имеет верхний предел в 1500 на максимальное число найденных дублей, превысив которое выдается сообщение "Найдено слишком много элементов. Уточните критерии поиска дублей.". Можно уточнить критерии поиска и обрабатывать данные частями, можно внести изменения в код обработки по поиску и удалению дублей, вынести во внешнюю обработку и доработать её. Я вынес это в расширение, перехватываю стандартную функцию и меняю в ней параметр максимального числа дублей. В расширении этот верхний предел увеличен до 16000 (больше делать не стал, т.к., возможно, будет недостаточно ресурсов ПК, недостаточно памяти для обработки большего объёма данных. При желании можете его увеличить самостоятельно).
Добавляем расширение через Администрирование- Печатные формы, отчёты и обработки - Расширения. После добавления расширения, перезапускаем программу для вступления изменений в силу.
Тестирование проводилось в УНФ (1.6.17.174) платформа(8.3.18.1208)
Важно: При установки расширения обязательно снимаем галочку безопастности.