Вычислить подобную проблему достаточно сложно. Тут в помощь может прийти, разве что, консоль запросов.
Пишем примитивный запрос по регистру бухгалтерии движения с субконто и видим, что в одних проводках субконто равно пустой ссылке, а в других - NULL. Или аналогичная проблема с валютой дебета/кредита, а может быть и по подразделениям... Перепроводить документы нельзя: уже закрыто несколько периодов с прежней аналитикой.
Объяснять, что Вы тут не при чем, и программа, на самом деле, хорошая. А всему виной кривые ручки бухгалтера - бесполезно.
В этом случае помощь может оказать только одно. Выбрать все проводки и просто перезаписать их.
Моя обработка позволяет выбрать организацию, по которой обнаружена проблема. В том же случае, когда организация не заполнена, выборка производится по всем организациям, присутствующим в базе.
В табличную часть "Счет учета" вносим проблемные счета.
Затем, нажимаем в правом нижнем углу кнопку "Заполнить". При этом правая табличная часть заполняется регистраторами, которые двигали регистр бухгалтерии по проблемным счетам.
Последним пунктом необходимо нажать кнопку "Выполнить". По этой кнопке обработка в цикле берет из правой табличной части документ-регистратор, отбирает по нему проводки в регитре бухгалтерии и перезаписывает их. В результате документы не перепроводятся, цифры не изменяются, но аналитика проводок нормализуется.