Алгоритм такой:
1. Сделать архив базы. Восстанавить этот архив в новой базе.
2. Пометить на удаление Организации, которые должны быть удалены. А организация, которая остается, помечается Основной.
3. Открыть внешнюю обработку "Удалении организации", выбрать организацию, которая остается, и нажать на кнопку "Пометить на удаление".
Обработка пробегает по Справочникам, Документам, Регистра сведений и помечает на удаление объекты, которые связаны с удаляемыми организациями.
Сразу скажу, что обработка работает долго, в зависимости от объема данных.
4. Удаляем объекты. Открываем меню Все функции - Обработки - Удаление помеченных объектов.
Через обработку удобнее, чем через стандартную функцию удаление помеченных объектов.
5. Если Организация не удалилась, то нужно повторить пункты 3-4.
Все.