Все просто - выбираем справочник.
Указываем поля одинаковые для дублей. и дополнительные поля, чтобы можно было отличить элементы справочника
Жмем "Найти дубли." Дубли появляются группами. В каждой группе ставим 1 галочку на нужную карточку, которую надо оставить.
Жмем "Далее." Заполняется замена значений с дублей на помеченные элементы.
Жмем "Найти ссылки."
Жмем "Выполнить замену значений". Дубли будут помечены на удаление и ссылки переброшены на выбранный элемент.
Если есть вероятность ошибки при замене ставим галочку отладка, и будет медленно, но без остановок на ошибках.
Обычно ошибки бывают на регистрах сведений(Лишние записи тупо надо удалить) или на подчиненных справочниках с нумерацией в пределах подчинения (Поменять коды для нужных, пометить на удаление остальные)