Уже давно сталкиваюсь с данной проблемой, но сейчас решил навести порядок.
Есть измененная конфигурация, при обновлениях стал вываливать весь список объектов конфигурации, а отличие только одно, изменен порядок следования объектов.
Добавленные объекты вниз списка двигал, объединял с конфигурацией, с признаком взять порядок из файла и все равно порядок не сходиться.
Решение оказалось достаточно простым просто надо было знать где у него кнопка.
Конфигурация -> Поддержка -> Настройка поддержки...
Кнопка "Сравнить и объеденить".
Произойдет сравнение основной конфигурации с конфигурацией поставщика в режиме "взять порядок из конфигурации поставщика". И вуаля, порядок востановлен.