Вам должен помочь следующий список действий:
1) Сохранить текущую конфигурацию в файл Конфиграция - Сохранить конфигурацию в файл
2) Снять конфу с поддержки Конфигурация - Поддержка - Настройка поддержки - Снять с поддержки. Внести изменения (синей кнопкой или Конфигурация - Обновить конфигурацию базы данных)
3) Объединить с соответствующей конфигурацией поставки (.cf, а не .cfu) Конфигурация - Сравнить, объединить с конфигурацией из файла. При предложении поставить на поддержку - согласиться.
4) Нажать сохранить Конфигурация - Сохранить конфигурацию
5) Объединить с самой первой выгруженной конфой для восстановления "своих" изменений в типовой онфигурация - Сравнить, объединить с конфигурацией из файла
6) Внести изменения (синей кнопкой или Конфигурация - Обновить конфигурацию базы данных)
Собиралось по кусочкам из форумов и из собственных предположений, протестировано. Кстати причина "слетания" мне до сих пор так и непонятна.