Основной темой прочтения была тема: //infostart.ru/public/65458/ , но решение там не было найдено.
После обмена данными из 12 баз была получена информация только от 10.
1 периферийная база не обновилась и от одной уже центральный узел не мог получить данные, хотя сама база обновилась.
А что было? А было динамическое обновление.
Решение кратко:
Внести МОНОПОЛЬНО какое-то изменение в центральную базу (можно поставить пробел в любом месте) и сохранить базу. Выгрузить cf и загрузить во все периферийные базы, сделать монопольно обмен и монопольно обмен в центральной.
Решение подробно:
1. Выгрузить из главной базы конфигурацию: Зайти в конфигуратор, пункт "Конфигурация", "Выгрузить в файл" и переписать конфигурацию в филиал.
2. Закрыть в филиале все сессии 1С и открыть в режиме Предприятие под полными правами обработку "УстановитьГлавныйУзел", ничего не выбирая, нажать кнопку "Выполнить".
3. Запустить Конфигуратор, пункт "Конфигурация", "Загрузить конфигурацию из файла", после загрузки нажать сохранить (дискетка) и нажать F7 (Обновить)
4. Снова открыть в режиме Предприятие под полными правами обработку "УстановитьГлавныйУзел", выбрать центральный узел и нажать кнопку "Выполнить".
5. Сделать обмен в этой базе, после чего выполнить обмен в центральной. Все изменения должны загрузиться.
Обработку для установки главного узла можно взять из той же темы: //infostart.ru/public/65456/
P.S. Через неделю еще у одного клиента возникла та же проблема. Решение помогло.