Во-первых, необходимо обновить базы приемника и источника до последнего релиза (база приемник - БГУ, конечно, должна быть пустая), и проверить на битые ссылки стандартными средствами.
Дальше я обычно делаю удаление помеченных объектов, и ничего страшного, если не все объекты можно удалить.
После этого групповой обработкой справочников и документов я ищу номенклатуру и ОС с пустым полем "Вид имущества", далее надо быть аккуратным: в приципе недвижимую номенклатуру я не встречал, поэтому групповым присвоением реквизита у найденной номенклатуры первый косяк бухгалтеров исправляется, а вот у ОС это посложнее. Для них в поле отбора необходимо добавить контроль по счету учета (чтобы исключить попадание зданий, сооружений и проч. с пустым видом имущества), а после этого групповой обработкой присваеваем вид имущества (прочее движимое).
После этого я обычно перенумеровываю элементы справочников, но только те, номера которых ни на что не повлияют.
Дальше я проверяю дублирование в справочниках (обработку можно найти на инфостарте). Следует обратить внимание на справочник КОСГУ, там бывают косяки и дублирование.
После этого можно удалить неиспользуемые элементы справочника (обычно только Банки).
После этого можно пробывать выгружать-загружать данные.
А как вы это делаете?:)