При открытии обработки в окне вывода отображается текущий каталог.
Команду необходимо ввести в поле "Команда", затем нажать кнопку "Выполнить". Результат выполнения команды отобразится в окне вывода. Следом за результатом вывода будет опять отображен текущий каталог.
Далее можно ввести новую команду и нажать "Выполнить".
Кнопка "Очистить" очищает окно вывода, затем выводит текущий каталог. Как при открытии обработки.
Тестировалось на операционной системе Linux (CentOS 6), платформа 1С 8.3.20.2290. К конфигурации не привязано.