При проведении поступления товаров и ввода начальных остатков создается документ Установка цен номенклатуры. При распроведении документа также распроводится установка цен, связанная с этим документом. При пометке на удаление документа она также становится на удаление. При изменении позиции в документе он так же изменит строку в установке цен номенклатуры. Вид цены Должна быть Закупочная. Либо в коде изменить на вашу вид цены
Протестировано на Медицина. Больничная аптека, редакция 2.2 (2.2.8.9).