При обращении к удаленному предопределенному элементу возникнет ошибка "Предопределенный элемент отсутствует в данных", и продолжить работу в базе невозможно.
Хотя в конфигурации предопределенные элементы есть.
Хочу предложить простое решение проблемы.
МеСпра = Справочники[Справочник];
Элемент = МеСпра.СоздатьЭлемент();
Элемент.Наименование = ИмяПредопределенногоЭлемента;
Элемент.ИмяПредопределенныхДанных = ИмяПредопределенногоЭлемента;
Элемент.Записать();
и проблема решена.