В цикле по сотрудникам каждый раз делается запрос на всех сотрудников, вместо того чтобы делать запрос по конкретному сотруднику
БухИтДФЛ = СоздатьОбъект("БухгалтерскиеИтоги");
БухИтДФЛ.Опции(1, 1);
//БухИтДФЛ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Сотрудники); //вариант 1С
БухИтДФЛ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Сотрудники,Сотрудник); //исправление
....................
БухИт70 = СоздатьОбъект("БухгалтерскиеИтоги"); // для отбора корреспонденций 70-ого счета
БухИт70.ВключатьСубсчета(, -1);
//БухИт70.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Сотрудники); //1С
БухИт70.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Сотрудники,Сотрудник); //исправление