Отладка выгрузки и загрузки затрудняется двумя аспектами.
Первый: загрузка по умолчанию происходит в фоновом режиме, а это препятствует использованию отладчика.
Второй: сама обработка не очень-то банально подключается.
Как настроить синхронизацию между базами, я описывать не буду, процесс этот несложный. Поэтому ниже будет описана непосредственно технология отладки загрузки данных из Управления небольшой фирмой ред.1.4 (1.4.9.49) в Бухгалтерию предприятия 3.0 (3.0.42.37). Стандартного обмена между этими версиями не существует, поэтому пример самый что ни на есть живой. 
Для того, чтобы загрузка данных происходила не в фоновом режиме, нужно, чтобы параметр сеанса в базе приёмнике ПараметрыКлиентаНаСервере (фиксированное соответствие) содержал строку "РежимОтладки". В конфигураторе базы приёмника заходим в меню Сервис / Параметры, где на вкладке "Основные" прописываем соответствующий параметр в поле "Параметр запуска":
Если после этого шага попытаться отладить загрузку при помощи функции отладчика "Остановка по ошибке" можно увидеть, как ошибка, которую мы ловим, возникает в операторе "Выполнить", куда передается текст одного из обработчиков конвертации. Как правило, этого бывает недостаточно. Большинство процедур и функций конвертации сосредоточено среди вызываемых алгоритмов. В конвертации они располагаются на закладке "Алгоритмы\Запросы" настройки правил обмена.
Для того, чтобы проходить отладчиком непосредственно по алгоритмам конвертации, используются внешние обработки, которые, подобно библиотекам, содержат процедуры обработчиков данных. Чтобы создать такую, идём в конфигуратор, там создаём простую внешнюю обработку и называем её как придётся. В модуль объекта обработки добавляем текст обработчиков, который выгружается непосредственно из конвертации данных. В версии КД 2.1.8.1 для этого используется меню "Отладка обработчиков" настройки правил обмена. В своём примере я отлаживал загрузку, соответственно пользовался пунктом "Сформировать модуль обработчиков загрузки":
Содержимое открывшегося окна нужно скопировать и вставить в нашу обработку как есть.
Таким образом, модули для отладки у нас готовы. Однако это ещё не всё. В свойствах самой конвертации на вкладке "Дополнительно" нужно установить режим совместимости "Не использовать":
Режим совместимости выставляется для предыдущей версии БСП, а потому не позволит воспользоваться нашими правилами в новых конфигурациях.
Есть ещё один, неприятный аспект. При загрузке в приёмнике, обработка КонвертацияОбъектовИнформационныхБаз оперирует переменной "ОбработкаЗагрузки". В этой переменной она ожидает увидеть внешню обработку с библиотекой обработчиков загрузки. Вот только у меня почему-то упорно не хотела видеть. Функция для заполнения переменной есть, но почему она остается не у дел, я не стал разбираться слишком упорно. Добавил её вызов в процедуру "ВыпонитьАнализСообщенияОбмена" и всё стало работать. Таким образом, возможно что в вашем релизе всё будет работать. Если не будет - делаем копию базы, разрешаем себе вносить изменения в конфигурацию, устанавливаем для обработки правило поддержки отличное от "Не редактируется" и решительно делаем следующие правки модуля объекта:
Дело осталось за малым: настроить загрузку данных и произвести её, воспользовавшись отладчиком! В базе приёмнике находим регистр "Правила для обмена данными", где ищем вид правил "Правила конвертации объектов" с нужным нам именем правила. Открыв запись регистра, выставляем галочку "Включить режим отладки", где указываем созданную ранее обработку для отладки и не забываем загрузить нужные правила обмена. Правила подаются упакованными в zip-архив, само правило должно иметь имя "ExchangeRules.xml", правила для отправки данных обратно помещаются в файл "CorrespondentExchangeRules.xml" архива.
Готово!
Проводим синхронизацию на стороне источника.
Запускаем базу приёмника через конфигуратор.
Заходим в общий модуль РаботаВБезопасномРежиме, процедура ВыполнитьМетодОбъекта оттуда получаем вход в нашу обработку с отладчиком.
Запускаем базу на отладку (я запускал в режиме толстого клиента).
???????
PROFIT!!!
