После подключения обработки в справочнике Скидки (наценки) на вкладке "Условия предоставления" по кнопке "добавить" внизу появится поле "по подразделениям".
Добавляете поле, далее двойным кликом откроется поле для добавления исключения.
Обратите внимание, что подчиненные подразделения при расчете не учитываются.
Условие срабатывает в момент нажатия кнопки "рассчитать скидки (наценки)" в заказе клиента и в реализации.