Для работы необходимо настроить учетную политику в типовом функционале.
Зайти в справочнике организация в нашу организацию или администрирование - сведения о предприятии- сведения об организации. На закладке учетная политика зайти учетную политику. Поставить галочку "Организация является плательщиком ЕНВД", на закладке НДС поставить галочку Раздельный учет товаров по НДС.
После этого в справочнике организация на закладке учетная политика появится список складов с возможностью продажи ЕНВД по складу. Проставляем для нашего склада галочку.
После добавления расширения в форме чека в режиме РМК появится поле с возможностью выбора системы налогообложения.
Также немного дописан функционал пробития чека и закрытия смены. По каждому закрытия формируется 2 отчета о розничных продажах - по НДС и ЕНВД.