Переделал обработку свертки без документов корректировка движений регистров - всё сваливается в операции.
Протестил на ДЕМО, итоги встают правильно после свертки только после тестирования и исправления (почему - для меня загадка).
Для большой базы можно попробовать не выполнять всю свертку (естественно всё делать только НА КОПИИ), сделать только две операции этой обработкой - сформировать документы на закладке "Ввод документов остатков" и Активизировать их.
Потом Выгрузкой загрузкой XML перенести эти документы в чистую базу - плюс не надо будет ждать пометки на удаления и удаления помеченных на удаление объектов.
Попробуйте, может что получится...