В свое время, когда база 1С 7.7 файловая версия сильно тормозила, приходилось часто обрезать базу. Для этого я делал чистую копию со справочниками и переносил остатки по счетам бухгалтерии с помощью этой обработки. Может и сейчас она кому-нибудь и пригодится.
Алгоритм очень простой: создание новых элементов справочников не предусмотрено, а те, что не найдены, пропускаются.
Проводки создаются в базе, к которой происходит подключение, соответственно из той базы, в которой запущена обработка.
Единственно, если по счету какое-то субконто только количественное, то суммы загружаться не будут.