Если для обмена с интернет - магазином вы используете подсистему 1С-Битрикс, то она позволяет вести свое дерево групп товаров, что удобней, нежели иерархия из справочника номенклатуры или видов номенклатуры, т.к. появляться возможность сделать произвольную иерархию для сайта и включать определенные товары в разные группы.
Данная обработка подключается как дополнительная обработка заполнения объекта к справочнику Номенклатура, не требует доработок конфигурации.
Разрабатывал под версию Управление торговлей 11.4.10, но думаю, без труда должна работать на любой конфигурации с подсистемой 1С-Битрикс.