В моем случае все настройки в программах ) (и в БП, и в ЗУП) были сделаны правильно, проблема заключалась в переходящих остатках (неверных старых хвостах прошлых периодов) по двум регистрам накопления «Расходы при УСН» и « Прочие расчеты». И если по первому регистру информация имеется, то участие и назначение второго регистра в данной проблеме нигде не описано (я не нашел, по крайней мере).

Пришлось разбираться, - выяснилось, что этот регистр используется как вспомогательный для реализации механизма принятия расходов без учета очередности проведения документов выплаты и отражения. Проще говоря, состояние и работа этого регистра влияет на принятие затрат в расходы.
Данные обработки решают проблему неправильных переходящих остатков с прошлых месяцев.

Выбираем «Дата формирования остатков», на которую мы хотим исправить ошибки.
Этот выбор требует внимания. В моем примере, текущая дата 20 апреля 2026 года, исправляем ошибки 1кв.2026г. для формирования правильной книги УДиР. В качестве «Даты формирования остатков» выбираем 31.12.2025г., но ВНИМАНИЕ - перед запуском обработки нужно распровести за 1кв. все докумены выплаты (списание с расчетного счета и т.д.) и документы «Отражение заработной платы в учете».
После распроведения нажимаем «Очистить регистры….», в результате будет создан документ «Операции, введенные вручную» по регистру накопления «Расходы при УСН».
Вторая обработка работает полностью аналогично и устраняет ошибки по регистру «Прочие расчеты».
Результат работы можно проверить простой настройкой Универсального отчета. На скрине ошибочное состояние регистра «Прочие расчеты», после же исправления, колонка Кон.остаток будет чистой. Для регистра «Расходы при УСН» используется измерение «Элемент расхода».

А так выглядит корректировка регистра «Прочие расчеты». 116 корректирующих записей, видны остатки с 2019 года.

Вообще, механизм принятия расходов в КУДиР довольно капризный и, можно сказать, запутанный, поскольку универсальный для различных затрат, не только зарплата: товары, услуги, продукция, возврата и т.д. И дать полное описание всего механизма сложно,
Не знаю насколько часто встречаются такие ошибки, - у меня в первый раз. Но возможно, кому-то пригодится для общего понимания.
И еще. На ИС появилась замечательная возможность поработать индивидуально по кнопке «Заказать консультацию» на странице где вы сейчас находитесь. Т.е. можно получить индивидуальную помощь по телефону или подключившись удаленно к вашей программе.

Проверено на следующих конфигурациях и релизах:
- Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0, релизы 3.0.195.40
Вступайте в нашу телеграмм-группу Инфостарт