При загрузке поиск значений субконто идет по коду и наименованию (если не будет найдено, то ничего не создается, а остается пустое субконто). Код открыт, так что есть возможность настройки "под себя". При загрузке создается и открывается новый документ, после проверки который необходимо самостоятельно записать в базу.
Если в БП в справочнике "Физические лица" завести элемент с наименованием "Сводный", то будет в качестве первого субконто 70счета подставляться он (конечно при условии, что в качестве первого субконто 70 счета выступает субконто "Работники организаций").
Файлы выгрузки и загрузки подключаются через Сервис-> Дополнительные отчеты и обработки-> Дополнительные внешние обработки. (Обработка "Выгрузка из ЗУП" подключается в ЗУПе, а "Загрузка в БП" - в БП).