Обработка проверена многократно на практике.
При выгрузке фильтры по именам объектов задаются через точку с запятой, без пробелов! Используются полные названия объектов.
Пример отбора ссылочных данных:
Если
МД <> Метаданные.Справочники.ФизическиеЛица
И МД <> Метаданные.Справочники.Склады
Тогда
Если МД.Реквизиты.Найти("Магазин") <> Неопределено Тогда
Условие = "Магазин В (&Магазины)";
Параметры.Вставить("Магазины", Узел.Магазины.Выгрузить(,"Магазин"));
КонецЕсли;
КонецЕсли;
Пример инициализации объекта плана обмена:
Объект.ДополнительныеСвойства.Вставить("ВыгружатьВсеБонусы", истина);
Перед выгрузкой очищайте всю регистрацию изменений по узлу, т.к. туда перейдут все объекты.