Для решения задачи использовал конфигурацию Конвертация данных 2.1.
Правила писались под конкретную задачу, но могут быть использованы как шаблон для других задач переноса остатков из УТ 11 в БП 3.0 (необходимо изменить запрос и код в правилах выгрузки данных: обработчик Перед обработкой).
Тестировал под 8.3.17.1851 на УТ 11.1.2.31 и БП 3.0.90.45.