Подробно рассмотрим, в чём собственно вопрос.
Предположим, что сотрудник приобрел статус нерезидента в ноябре или декабре, то есть к концу года, и пересчитанный по новой ставке НДФЛ слишком велик, чтобы его можно было удержать с доходов сотрудника за оставшееся доконца года время. В этом случае бухгалтер просто отчитывается перед налоговой о сумме недоплаченной за работника суммы НДФЛ, а далее эту недостачу сотрудник должен выплатить налоговой самостоятельно.
В любом случае, в наступившем году эта недостача не должна продолжать списываться с доходов сотрудника.
Чтобы списать в конце года образовавшуюся задолженность, до 2021 года можно было воспользоваться документом "Справка 2-НДФЛ для передачи контролирующим органам", внеся в нём в поле Вид справки "О невозможности удержания НДФЛ". (подробнее можно прочитать например в статье https://buhexpert8.ru/1s-zup/ndfl/ndfl-ischislennyj-uderzhannyj-i-perechislennyj/kak-zakryt-saldo-po-ndfl-na-konets-goda.html)
Но наше законодательство не стоит на месте, и с 2021 года вместо справок 2-НДФЛ был придуман отчет 6-НДФЛ. А справки 2-НДФЛ ограничили периодом 2020, установить период 2021 в ней просто невозможно.
То есть если сотрудник становится нерезидентом - нет проблем, налог будет пересчитан, 1С даже выпустила статью как всё правильно сделать https://its.1c.ru/db/staff1c#content:34994:hdoc
В этой статье разбирается ситуация, когда налоговый статус у сотрудника меняется в середине года, и как мы понимаем, при таких вводных всё складывается чудесным образом.
Ну а в конце года, как уже было сказано, формируется 6-НДФЛ. В этом отчете суммы недоплаченного НДФЛ и дохода, с которого эта сумма была насчитана, можно внести вручную в разделе 4 справки для сотрудника, которая содержится в Приложении №1. Вот только этот отчет, в отличие от старой 2-НДФЛ, не делает движений по регистрам накопления для закрытия сальдо, то есть долг за сотрудником продолжает висеть и в новом году, и программа старательно пытается продолжить его списание.
Собственно ответ на вопрос из заголовка: пока никак.
В 1С видимо просто забыли про наличие подобной проблемы.
Есть конечно возможность списать эту задолженность с помощью документа Перенос данных... если вы хорошо знаете, по каким регистрам надо вносить корректирующие движения :).
Либо можно немного покорежить конфигурацию.
В этом случае нам надо для начала в Конфигураторе, в Настройке поддержки (Конфигурация - Поддержка-Настройка поддержки)
найти документ СправкиНДФЛДляПередачиВНалоговыйОрган, и среди его реквизитов - реквизит НалоговыйПериод
Вот для этого реквизита надо настроить возможность изменений без снятия с поддержки.
Затем закрыть Настройку поддержки, найти этот же реквизит в дереве конфигурации и в Свойствах найти Максимальное значение. Именно его нам и надо поменять с 2020 на 2021.
Затем сохранить конфигурацию и внести на сотрудника списывающую сальдо справку 2-НДФЛ за 2021 год.
Конечно это временное решение, я очень надеюсь, что 1С всё-таки выставит типовое решение для подобных ситуаций.
