Принцип ее работы:
проверять при помощи подбора документы входящие ТТН с остатками регистра 1, есть ли партии что не попали в регистр №2 ЕГАИС.
Для этого: открываем обработку (Файл - Открыть), кнопкой Подбор попадаем в список документов Входящие ТТН ЕГАИС, выбираем необходимые ТТН и добавляем на форму.
После на форме ниже выбираем определенный документ остатков регистра 2 и нажимаем на кнопку Перейти к документу передачи. Обработка предложит создать документ Передачи в регистр 2, содержащий только партионный акцизный товар.
Данная обработка тестировалась на версии 1С:Розница (2.2.11.*, 2.2.12.*).