Обработку нужно добавить во внешние обработки табличных частей и указать Документ Отчет комиссионера о продажах и табличную часть Товары. После этого в Документе Отчет комиссионера о продажах на вкладке Товары обработка появится в списке "Заполнить".
После того как документ был полностью заполнен и рассчитан выбираем из списка "Заполнить" ранее добавленную нашу ( уже вашу обработку), которая построчно пересчитает комиссионное вознаграждение от суммы прихода товара с учетом указанного процента комиссионного вознаграждения.