Столкнулись с проблемой, что есть сформированные документы, но они не отражаются в журналах документов. Оказалось, что видимо при удалении помеченных объектов очищаются записи в регистре "Реестр документов".
Для восстановления записей создана простая обработка.
Запускается просто из меню "Файл / Открыть".
В открывшейся обработке нажимается "Выполнить регистрацию".
Тестировалось на конфигурации Управление торговлей, редакция 11 (11.4.13.85).