Идея такая:
В конфигурации необходимо создать справочник "а_КонтрольФактическихОтгрузок" (это если вы не хотите ничего менять в обработке) можете создать справочник под собственным именем и сделать замену в модуле обработки.
У справочника опять же если вы не хотите ничего менять должно быть 2 реквизита.
ДокументОснование - с типом вашего документа (у меня это Реализация), естественно если Вы собираетесь использовать в другой конфигурации и для другого документа, Вам придеться немного изменить обработку, подправить условие и запрос, связанное с отборами
Отгружен - Число(1,0).
Обработку можно использовать как внешнюю, а можно запихнуть в конфу, кому как больше нравится...
В моей обработке можно задавать период отбора, выводить все накладные или только неотгруженные(без пометки), есть галочка выводить только с проведенными счет-фактурами, отборы: по автору, контрагенту, складу, есть поиск по номеру документа.
Комплексная у меня не типовая, на типовой не пробовал, будут проблемы пишите....
В своей конфе я немного влез в документ... она все равно переписанная и дописал процедуру по установке флажка при печати счет-фактуры... процедуру можно взять из обработки...