Ничего в конфигурации изменять не нужно, просто заменить родную обработку АТОЛ ККМ и QR-код будет печататься!
Внимание! Для вывода QR-кода в чек необходима установка 8-ой версии драйверов (проверялось на 8.10.2.0, на 6.Х версии ДТО добиться работоспособности не удалось).
Полезные ссылки:
Драйверы торгового оборудования можно скачать из Центра загрузки АТОЛ
Для начинающих Порядок подключения и настройки торгового оборудования для платформы "1С:Предприятие 8.1"