Во-первых, если такая ошибка возникает на главном узле после передачи на подчиненный сообщения с обновлением, до устранения этой проблемы не желательно править конфигурацию главного узла, т.к. можем запросто получить на подчинённом проблему "конфигурация не соответствует ожидаемой"!
Лучше глубже проанализировать суть ошибки, тем более, что в тексте этой ошибки указывается номер строки и колонки того места, где произошла ошибка.
Тем не менее, перед тем, как приступать к глубокому анализу файла сообщения, проверьте не открывается ли этот ларчик гораздо проще: на узле-отправителе проблемного сообщения откройте обработку ВыгрузкаЗагрузкаДанныхXML.epf (из состава конфигурации "Конвертация данных", находится в каталоге шаблона конфигурации после её установки), нажмите в самом низу кнопку "Недопустимые символы в плане обмена" и выберите узел-получатель. Если проверка выдаст ошибки, то вам достаточно будет устранить их непосредственно в указанных объектах и проблема будет решена.
Если недопустимых символов не найдено - копаем дальше. Откройте XML файл сообщения (лучше всего открывать прямо в 1С:Предприятие 8) и посмотрите по указанному номеру строки, на каком объекте остановился прием.
Если чисто визуально с ним всё в порядке - имеет смысл сравнить сериализованный объект, на котором "затыкается" чтение, с каким-нибудь аналогичным объектом БД получателя. Для получения сериализованного представления объекта можно воспользоваться обработкой СериализацияОбъектаВXML.epf в приложении этой статьи. Сравнение нужно производить по структуре объекта! Т.е. проверить, чтобы все элементы метаданных сравниваемых объектов были одинаковы и был соблюден порядок их следования (это важно!). В случае структурных различий поступаем одним из 2-х способов: или разбираемся, почему не произошло обновление конфигурации периферийного узла и устраняем причину; или обращаемся к первой методике из публикации //infostart.ru/public/65456/.
Удачных Вам обменов!