Первый запрос, берется регистр накопления РабочееВремяРаботниковОрганизаций (там хранится информация по дням) и проверятся на вхождение в период документов Невыход, Отпуск (с дополнительным отпуском) или Больничный. Если "Н" ничем не подтвердилась, то сотрудник выводится в отчет.
Второй запрос: просто вывожу список сотрудников у которых за перод отчета было повышение квалификации (код вида расчета ОплС03) у них тоже у некоторых стаж разрывается. Эта информация выводится по требованию с формы. У вас эта часть скорее всего работать не будет, так как вид расчета не предопределенный, но находится в основных начислениях.